A diferència del que ocorre amb el PCR, el test d'antígens no requereix un laboratori i el resultat sol estar en tot just 15 minuts. Mentre el PCR el que detecta és l'ARN víric, el test d'antígens detecta la proteïna del virus (generalment la N). La seva efectivitat és similar, arribant en el cas dels antígens entre un 80 i un 99%.

La seva extracció també es fa de la mateixa forma, doncs en ambdues proves es pren una mostra nasofaríngia. El cost de les proves també és un altre element en el qual difereixen i bastant. Mentre que en el PCR de mitjana els preus estan sobre els 90 i 120 euros, en el cas dels antígens pots trobar-los amb freqüència entorn dels 40-50 euros.

La sensibilitat sol ser semblant en les dues proves quan el virus es troba en el seu moment àlgid, però es torna més fiable en el PCR quan ha transcorregut una mica més de temps. Els dos resultats així mateix són vàlids per a viatjar, si bé, en el cas dels antígens, haurem d'acudir a un centre mèdic autoritzat per a expedir certificats en els quals s'assegurin que la persona està lliure de COVID, no sent vàlids per tant els presos en les farmàcies.