Per a mantenir el microbioma en equilibri, és necessari alimentar-lo bé, i això s'aconsegueix gràcies als probiòtics i els prebiòtics, que encara que similars en la seva denominació, compleixen funcions ben diferenciades. Els prebiòtics són fibres vegetals que del que s'ocupen bàsicament, és d'estimular el creixement dels bacteris sans de l'organisme.

Igual que en el cas dels probiòtics, existeixen a le farmàcies suplements que reforcen el seu treball, però es poden trobar també de manera natural en molts aliments entre els quals es troben les verdures, les fruites, la mel, la civada o els llegums. Per la seva part els probiòtics, són organismes vius beneficiosos. Si a més dels existents en la flora intestinal, ingerim més quantitat, sigui amb suplements naturals o mitjançant aliments que ho continguin, reforcem la seva protecció.

El probiòtic més conegut és el iogurt, però també hi ha uns altres com el quefir, la soia fermentada, el sèrum de mantega o la xucrut, que és una col blanca amb lactoferments, molt habitual en països centreeuropeus com Àustria, Alemanya, Suïssa o Hongria.