Fins ara, l'Agència estava ubicada a la Muralla del Carme, número 7 a la primera i cinquena plantes, compartint edifici amb el Servei Català de Salut. El trasllat de l'Agència es feia necessari amb l'augment de professionals que han de donar resposta a les necessitats actuals, derivades de la pandèmia.

La idea de traslladar-se a un nou emplaçament feia més d'un any que es gestava però es va posposar davant l'emergència sanitària. Ara, finalment, el trasllat s'ha fet efectiu i ha permès incorporar nous professionals a nivell territorial que contribuiran a  fer un millor seguiment dels contactes de casos positius per Covid-19. Segons ha explicat la sub-directora de Salut Pública a la Catalunya Central, Imma Cervós, des de fa un any "hem incorporat de manera gradual més persones a l'equip de vigilància epidemiològica. Primer van ser 8 persones al mes de juny, després 32 enquestadors per a conèixer millor el comportament epidemiològic a la Catalunya Central de la pandèmia, i ara hem incorporat 55 gestors de casos que fan un seguiment dels casos positius".

A la nova seu hi haurà la Subdirecció general de l'Agència així com també:

Servei de Protecció de la Salut i Seguretat Alimentària.
Servei de Promoció de la Salut i Prevenció de la malaltia.
Servei de Vigilància Epidemiològica.
Servei d'Administració i Suport Territorial.

L'Agència de Salut Pública de Catalunya s'ordena en demarcacions territorials, anomenades Serveis Regionals, que disposen d'una dotació de recursos humans i econòmics per acomplir les activitats de salut pública en cada territori. Cada servei regional s'organitza en diversos equips territorials de salut pública (ETSP) formats per un conjunt de professionals de la salut pública que fa actuacions relatives a la promoció de la salut i la protecció de la salut, la prevenció de la malaltia i la vigilància epidemiològica de la salut pública, d'una manera integrada i coordinada amb els recursos locals municipals de salut pública, amb els equips d'atenció primària de les àrees bàsiques de salut, amb les unitats de medicina preventiva i salut laboral pública dels hospitals on n'hi hagi, i amb els altres serveis relacionats amb la salut pública.

A la Catalunya Central, l'equip de la Sub-direcció que ara es trasllada a la nova seu, també coordina els Serveis de Salut Laboral de la Catalunya Central que està ubicat a a l'edifici d'Althaia i dirigeix els Equips Territorials les subseus de Salut Pública a Manresa, com és el Servei de Salut Pública al Solsonès, Bages, Berguedà i Anoia, al CAP Bages on, entre altres coses, actuen en àmbits de seguretat alimentària i ambiental en industries alimentàries i establiments. També des de la nova seu a Pere III es coordina dirigeix les actuacions de Salut Pública a l'Anoia, amb una oficina a l'Av. Pau Casals, 21 d'Igualada, una oficina a l'Hospital de Sant Bernabé, amb l'equip que treballa a Solsonès i Berguedà; i un servei de Servei de Salut Pública a Osona, as la Rambla de l'Hospital, 52.